Kepulauan Padaido tersusun atas 31 pulau yang terbagi ke dalam dua kawasan, yaitu kawasan Padaido Atas dan Padaido Bawah. Kawasan Kepulauan Padaido Atas terdiri dari Pulau Padaidori Yeri, Meosmangguandi, Mbromsi, Pasi, Rasi, Kubori, Dauwi, Nukori, Samakur, Inasfuri, Wamsoi, Workbundi (Meoswarek), dan Pakreki. Sedangkan kawasan Kepulauan Padaido Bawah terdiri atas Pulau Owi, Auki, Wundi, Pai, Nusi, Ureb, dan kepulauan kecil lainnya.

Kepulauan Padaido mempunyai keindahan alam dan bawah laut yang luar biasa. Menurut Biodiversity Conservation Network, Kepulauan Padaido merupakan salah satu tempat yang memiliki keragaman hayati ekosistem koral terbesar di dunia. Terdapat 95 spesies koral dan 155 spesies ikan yang hidup di kepulauan ini.

Untuk mencapai gugusan Kepulauan Padaido, dapat menggunakan perahu motor tempel, yang biasa disebut Perahu Johnson, atau speedboat dari Pelabuhan Tip Top. Perjalanan ditempuh dalam waktu 1 hingga 3 jam, tergantung kondisi cuaca dan jauhnya pulau yang dituju. Pulau-pulau yang banyak dikunjungi wisatawan antara lain adalah Pulau Rasi, Pulau Ureb, Pulau Mansurbabo, Pulau Samber Pasi, dan Pulau Wundi.